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Les bactéries, de plus en plus coriaces, résistent aux antibiotiques

Super-bactérie
« Nous allons tout droit vers une résistance à tous les antibiotiques ». C’est ce qu’affirment deux professeurs de l’Université de Fribourg qui ont identifié la souche bactérienne la plus coriace qui soit. Elle résiste aux deux familles d’antibiotiques utilisés en dernier recours. Une découverte qui a de quoi inquiéter le monde médical. 
 
Aurions-nous usé nos dernières cartouches face à la résistance croissante de certaines maladies aux médicaments de la médecine moderne ? C’est le professeur Patrice Nordmann, chef de la chaire de microbiologie de l’Université de Fribourg (UNIFR) et directeur de l’unité Résistances émergentes aux antibiotiques, qui l’affirme.

La souche bactérienne la plus coriace au monde

En décembre dernier, lui et son collègue, le Dr Laurent Poirel, ont identifié en Suisse ce qu’ils disent être la souche bactérienne la plus coriace au monde. Celle-ci résiste aux deux familles d’antibiotiques utilisés en dernier recours (colistine et carbapénèmes) pour sauver les patients gravement touchés par les infections aux entérobactéries, que l’on trouve communément dans les intestins des humains et des animaux. Très répandues, elles sont responsables, entre autres, des septicémies, des pneumonies et des infections en chirurgie. La découverte a fait l’objet d’une publication dans la revue spécialisée «The Lancet Infectious Diseases», au début janvier.
 
Si ces résistances devaient se propager, cela sonnerait le glas du développement de la médecine moderne et nous renverrait à l’ère préantibiotique des années 1930. D’autant que, depuis, d’autres cas ont été mis au jour, notamment en Suisse et en Allemagne.  Patrice Nordmann soupçonne, dans les cas suisses, une transmission de ce mécanisme de résistance de l’animal à l’homme, ce qui suggère « son fort potentiel de diffusion ». Comme d’autres médecins, il appelle à restreindre rapidement l’usage des antibiotiques en question, largement utilisés en Europe et en Suisse pour traiter le bétail. D’ailleurs, l’Union européenne vient d’émettre une demande de réévaluation de l’utilisation de la colistine dans le monde animal.
 
Ces phénomènes ne se limitent plus à des pays lointains comme tels que la Chine, ainsi que de récentes études le laissaient penser. En effet, fin novembre 2015, des chercheurs de l’Université agricole de Canton (Chine) ont découvert l’existence d’un nouveau gène (« mcr-1 ») rendant certaines bactéries résistantes à l’une des deux familles d’antibiotiques utilisés en dernier recours pour sauver les malades gravement atteints : les polymyxines (colistine). Ce gène, capable d’être copié et transmis facilement à une autre bactérie, a été retrouvé sur quelque 1300 personnes hospitalisées ainsi que sur des animaux destinés à l’alimentation.

Une origine inconnue

Pour l’heure, l’origine de la souche suisse demeure encore indéterminée. Mais Patrice Nordmann et son équipe soupçonnent fortement le monde animal. « L’usage de la colistine est très répandu dans la médecine vétérinaire, en Europe comme en Suisse. Dans d’autres pays comme la Chine, elle est même ajoutée aux aliments des animaux en guise de facteur de croissance », expose le professeur à l’agence Swissinfo.
« Le fait que le même type de gène de résistance ait été trouvé à la fois chez l’homme et l’animal indique qu’il y a eu transmission du bétail à l’homme », poursuit-il. Cette transmission peut se faire en consommant de la viande ou du lait contaminé, ou par un contact direct. Mais, plus étonnant, cela pourrait aussi être le cas en mangeant des légumes ayant poussé dans une terre contaminée par des déjections animales.
 
Pour le professeur Nordmann, il est impératif de stopper autant que possible la diffusion de telles souches multirésistantes aux antibiotiques. Pour ce faire il s’agit de mobiliser rapidement les différents acteurs de la santé au niveau international afin de réduire le recours à certains antibiotiques chez les animaux. Il faut aussi d’urgence identifier les porteurs (animal et humain) de ces gènes de résistance via des tests de diagnostics rapides.
« C'est une course contre la montre. On est constamment en train d'essayer de rattraper l'évolution des bactéries », commente à l'AFP Marc Lemonnier, PDG d'Antabio, une petite biotech (société de biotechnologies) toulousaine travaillant dans ce domaine.
 

Une ère post-antibiotique

Si rien ne bouge, le monde se dirige vers une « ère post-antibiotique, dans laquelle les infections courantes pourront recommencer à tuer », répète régulièrement l'Organisation mondiale de la santé (OMS). L'antibiorésistance tue déjà 50.000 patients chaque année aux États-Unis et en Europe, et pourrait causer 10 millions de morts par an dans le monde en 2050, soit plus que le cancer, ont prédit des experts mandatés par le gouvernement britannique.
 
Longtemps considérés comme des biens de consommation courante, les antibiotiques avaient jusqu'à présent un prix peu élevé, compensé par des volumes de distribution importants. Mais les autorités sanitaires restreignent désormais leur usage pour éviter l'émergence de nouvelles résistances.
Nombre de grands laboratoires pharmaceutiques ont ainsi peu à peu délaissé ce domaine de recherche, au profit de branches plus rémunératrices, comme le diabète ou le cancer. Résultat : aucune nouvelle classe d'antibiotique n'est arrivée sur le marché depuis 30 ans.

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« Le modèle de développement des antibiotiques n'est pas adapté à des petites populations de patients », explique à l'AFP Laurent Fraisse, responsable de la recherche-développement sur les maladies infectieuses chez Sanofi, qui a plusieurs projets de recherche précoce dans ce secteur.
 
La réglementation européenne mériterait aussi d'être simplifiée pour les antibiotiques innovants et leurs alternatives, car « on ne fait pas une étude clinique de la même manière avec 5.000 patients qu'avec 50.000 », selon M. Fraisse. « On brûle beaucoup de cash pour faire des recherches extrêmement coûteuses et on est loin du marché, ce qui rend l'équation très compliquée », relève de son côté Marc Lemonnier d'Antabio.

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Une montée de nouvelles maladies infectieuses en lien avec l’urbanisation et le changement climatique

Cette résistance des bactéries aux antibiotiques est un risque particulièrement accentué par les caractéristiques du monde actuel. Aujourd'hui, nous sommes face à la montée de nouvelles maladies infectieuses qui sont en lien direct avec les problématiques d'urbanisation et de changement climatique : « Des épidémies majeures peuvent se produire dans des villes à l'échelle mondiale », a alerté il y a quelques jours l'OMS sur son compte Twitter.
La Tribune rapporte qu’en 2009, le directeur Général de l'OMS avait déjà déclaré que « les maladies infectieuses peuvent émerger dans les zones rurales, mais les zones urbaines sont cruciales pour leur dissémination et leur transformation en épidémie, voire en pandémie ».
 
Le facteur urbain combiné au réchauffement climatique et à la portée des échanges internationaux, dans une économie mondialisée, amènent l'émergence de ce type de maladies dans les zones urbaines des pays du Nord. Une étude de l'OMS publiée en septembre 2013 « Cadre régional pour la surveillance et la lutte contre les moustiques invasifs et vecteurs de maladies et les maladies réémergentes à transmission vectorielle » précise que l'Europe restait vulnérable à la transmission d'autres arbovirus tropicaux et a confirmé que la transmission de ces maladies peut devenir indigène.

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